La création de l’Institut Franco-Catalan Tansfrontalier fut proposée par l’Université de Perpignan en septembre 2001, acceptée par le Ministère de l’Éducation Nationale et des Universités et publiée au Bulletin Officiel en janvier 2002.

Le Conseil de l’IFCT, renouvelé tous les quatre ans, est constitué par 6 représentants des personnels d’enseignement et de recherche, 2 del autres personnels, 6 des étudiants et 14 personnalités extérieures.

Le Conseil élit son Président parmi les personnalités extérieures. Présidents successifs:

  • M. Joaquim Llimona (Présidence de la Généralité de Catalogne);
  • M. Marcel Mateu (Conseil Général des Pyrénées-Orientales, et Région Languedoc-Roussillon).

Le Conseil élit un Directeur, pour cinq ans, parmi les enseignants de l’Institut. Directeurs successifs:

  • M. Joan Becat, élu en 2002 et réélu en 2007. Il cesse ses fonctions en 2009.
  • M. Joan Peytaví Deixona, nommé administrateur provisoire en juillet 2009.
  • M. Marcel Sousse, nommé administrateur provisoire en avril 2010.
  • M. Jean-Michel Hoerner, nommé administrateur provisoire en janvier 2011.
  • Mme Martina Camiade, élue en octobre 2011 et réélue en 2012. Elle cède ses fonctions en décembre 2013.
  • M. Alà Baylac-Ferrer est élu en décembre 2013.